System filtracji Odkurzacz podłogowy odgrywa decydującą rolę w zapobieganiu wtórnym zanieczyszczeniom.
Wysokiej jakości system filtracji odkurzacza podłogowego wykorzystuje wiele technologii filtracji. Powszechnie stosowane to filtracja pierwotna, czyli zazwyczaj filtr lub filtr bawełniany, który może odfiltrować duże cząsteczki kurzu i zanieczyszczeń, takich jak włosy, zanieczyszczenia itp. Jest to pierwsza linia obrony przed wtórnymi zanieczyszczeniami. Przykładowo filtr główny niektórych odkurzaczy potrafi skutecznie wychwytywać większe cząstki widoczne gołym okiem, odciążając kolejne ogniwa filtracyjne.
Następna jest warstwa filtra o wysokiej wydajności, np. HEPA. Może dokładnie filtrować drobne cząsteczki kurzu, a skuteczność filtracji cząstek o wielkości 0,3 mikrona i większej może wynosić nawet 99,97% lub nawet więcej. Oznacza to, że prawie cały szkodliwy pył zasysany do odkurzacza może zostać przechwycony i nie zostanie ponownie wypuszczony do powietrza, unikając w ten sposób zanieczyszczenia powietrza w pomieszczeniach i uszkodzenia dróg oddechowych człowieka.
Niektóre odkurzacze wykorzystują również warstwy filtrów z węglem aktywnym, które mogą pochłaniać zapachy i szkodliwe cząsteczki gazów, takie jak formaldehyd i benzen. Zwłaszcza podczas czyszczenia sierści zwierząt domowych, wilgotnych środowisk lub obszarów z nieprzyjemnymi zapachami, warstwa filtra z węglem aktywnym może skutecznie usuwać zapachy, sprawić, że wywiewane powietrze będzie świeższe, dodatkowo poprawi efekt czyszczenia i zapobiegnie wtórnemu zanieczyszczeniu spowodowanemu zapachami i szkodliwymi gazami.
Ponadto system filtracji niektórych wysokiej klasy odkurzaczy podłogowych ma również funkcję samooczyszczania. Podczas pracy odkurzacza kurz znajdujący się na siatce filtra jest w porę oczyszczany poprzez odwrotny przepływ powietrza lub wibracje, zachowując przepuszczalność i skuteczność filtracji siatki filtrującej oraz unikając spadku siły ssania i wtórnych zanieczyszczeń spowodowanych zatkaniem filtra. Na przykład niektóre odkurzacze wyposażone w technologię separacji cyklonowej mogą oddzielać kurz od siatki filtra dzięki dużej sile odśrodkowej podczas procesu filtracji i zrzucać go do pojemnika na kurz, zapewniając, że system filtracji zawsze będzie działał w dobrym stanie.